當然，有了火車頭，他們也就會有所屬的車庫來做維修、保養、補給的任務。早年平地段（嘉義∼竹崎）的路線跑的是十八噸級較小型的直立汽缸蒸汽火車，因此配屬於北門車庫的便有十三、十四、十五及十六號這四輛。竹崎以上本線的爬山路段，是二十八噸級較大型蒸汽火車的天下，於是奮起湖車庫配屬的便全是大塊頭的二十一、二十二、二十五、二十六、二十八、三十一及三十二號這七輛較大火車。阿里山的機車庫由於尚包含了林場線運轉任務，所以較為特殊的是︰它兩種不同大小的蒸汽火車都有配備，十八噸級的是十二、十七及十八號，二十八噸級的是二十三、二十四和二十九號，各種不同形態大小的火車雜陳於其間。

事實上，有著台灣最高火車車庫之稱的阿里山機車庫，共換過三個不同的地點。最早，它那木造的車庫，是建築在舊站往眠月方向的左邊，後來曾一度改遷至右邊，即現在火車旅館的餐廳處；在車站又搬遷至第四分道後，新的車庫便又改在之字形路段的端點延伸位置，以新式的水泥建築來供火車停放。

如今，位於原第四分道的這座阿里山車庫，可說是掌握了所有阿里山上火車動力的來源。因為，原本位於中間站，做為火車接棒、換手的奮起湖裁撤後，阿里山及北門兩個車庫即完全肩負起所有的責任，負責內燃機車及客貨車的一級保養，和列車開車前的檢查與軔機調整工作。（至於二至五級保養及臨時檢修任務，則由北門的修理工廠來擔任）。

目前阿里山車庫仍保留了三輛古老蒸汽火車在裡面，其中的十八號及三十二號如今已無法行駛，但另位的二十六號，卻是唯一健在，還能夠冒著煙、隆隆奔馳的最後一輛。如果有一天，代表阿里山林鐵不朽光榮的老蒸汽火車，能在長拉一聲汽笛迴盪於山谷間，風光地駛出車庫去服務人們，那該有多好，大夥兒最懷念的可就是它啊！

註︰目前有外賓參觀或特殊任務（如影片拍攝）時，老蒸汽火車尚有機會拖出來運轉一下，讓人一睹其英姿。不過以林務局保守封閉的辦事心態，老蒸汽火車恐將成為被人淡忘的古董了。如果您到阿里山車庫來瞧瞧這些落難的老火車頭，您將會發現奔馳數十年的下場，就是被擺在車庫、一身得鏽蝕無人整理的命運。